El 23 de marzo de ese año, Pedro Justo Berrío, como presidente de la Asamblea Departamental de Antioquia, sentó las bases para la creación de la Escuela de Agricultura Tropical y Veterinaria, en Medellín o sus alrededores. Sin embargo, la ordenanza sólo tuvo cumplimiento a partir del 10 de octubre de 1916, fecha en la cual se iniciaron las labores académicas, en el sitio denominado Fontidueño, jurisdicción del municipio de Bello y bajo la dirección del doctor Eduardo Zuleta Gaviria. Como el país carecía de técnicos, se trajeron profesores calificados de los Estados Unidos, Puerto Rico, Cuba, Francia y Alemania. Cuatro años después se aprobó la Ordenanza N° 30, por medio de la cual se reorganizó la Escuela y se estableció un curso completo de Agricultura y Veterinaria en donde se confirió el Diploma de Agrónomo Veterinario. Las dificultades económicas de 1919, hicieron que la Escuela se trasladara a la ciudad de Medellín, viajando dos veces por semana para hacer las prácticas de campo en Fontidueño.
Durante los años de 1924 y 1925, la Escuela estuvo al borde del fracaso, debido a la supresión de un Auxilio Especial de $10.000 que había recibido en años anteriores de la Asamblea Departamental de Antioquia. Estas dificultades económicas motivaron una apreciable disminución en su profesorado y la Escuela estuvo a punto de sucumbir. En el año de 1926, superada la crisis económica, el Departamento contrató los servicios del doctor Carlos E. Chardón, puertorriqueño, quien modificó el plan de estudios vigente, para dar sólo el título de Ingeniero Agrónomo, suprimiendo en forma definitiva los estudios de Medicina Veterinaria. En 1927 Se adquirió en el Departamento, por permuta con el municipio de Medellín, la propiedad denominada "Otrabanda" situada al margen izquierdo del Río Medellín, entre los puentes denominados Colombia y de la carretera al mar, en la parte occidental de la ciudad de Medellín, donde hoy se encuentra la Facultad de Ciencias Agropecuarias.
La Asamblea Departamental incorporó a la Universidad de Antioquia la Estación Experimental "Tulio Ospina" y la Escuela Superior de Agronomía Anexa. Igualmente se autorizó al Gobernador para vender o permutar el local, de propiedad del Departamento, situado entre la calle Ayacucho y la carrera Villa, con el fin de adquirir con el valor de esta negociación, un predio situado en clima frío para dedicarlo a los cultivos propios de esta zona. Por la misma Ordenanza se facultó al Gobernador del Departamento para celebrar con el Gobierno Nacional un contrato mediante el cual se pudiera nacionalizar la Estación Experimental y la Escuela de Agricultura con todas sus dependencias. Fue, sin embargo, en 1930 que el Gobernador del Departamento, aprobó con fecha 1° de agosto de 1934, el Contrato de venta a la Nación. Para el 1 de febrero de 1935 la Escuela fue elevada al rango de Instituto Agrícola Nacional; en un comienzo funcionó como dependencia del Ministerio de Agricultura y Comercio y el 1° de febrero de 1937 fue adscrito al Ministerio de Educación Nacional, formando parte de la Universidad Nacional de Colombia.
La Universidad creó la Facultad Nacional de Agronomía, con base en el Instituto Agrícola Nacional. En 1951, el Consejo Superior de la Universidad Nacional, creó el Instituto Forestal y la Carrera de Ingeniería Forestal, dependiente de la Facultad. Ya en 1962, el Consejo Superior Universitario, creó la Carrera de Zootecnia, que se inició un año después. En 1967 se graduaron los primeros zootecnistas de la Facultad y de Colombia. En el mes de mayo de 1962, y auspiciada por la Facultad, se celebró en sus claustros la II Reunión latinoamericana de Facultades de Agronomía, De dicha reunión surgió la Asociación Latinoamericana de Facultades de Agronomía.
En 1967, el Consejo Superior Universitario estableció la "Distribución Académica" de la Universidad Nacional en Medellín y le cambió el nombre de Facultad Nacional de Agronomía por el de "Facultad de Ciencias Agrícolas". Pero en una posterior reestructuración de la Seccional, (1976), recuperó su antiguo nombre. Continuando con sus programas de expansión y diversificación de la educación agrícola superior, la Facultad presentó al Consejo Académico Universitario, un Proyecto para la creación de la Carrera de Economía Agrícola. Este proyecto fue aprobado el 22 de febrero de 1968 y las labores correspondientes se iniciaron en el segundo semestre del mismo año. En 1968, como consecuencia de la integración física, académica y administrativa de las Facultades de la Universidad Nacional de Colombia, en Medellín, la Facultad Nacional de Agronomía aportó todos sus terrenos de "Otrabanda". En estos terrenos se han construido los edificios, necesarios para desarrollar las nuevas actividades académicas y administrativas. Con motivo de la reestructuración académica de la Seccional de Medellín, en 1976, se trasladó la Carrera de Economía Agrícola a la recién creada Facultad de Ciencias Humanas y las Secciones de Biología, Suelos, Entomología y Fitopatología a la Facultad de Ciencias.
En 1987, el Consejo Superior Universitario, cambió el nombre de la Facultad Nacional de Agronomía por el de Facultad de Ciencias Agropecuarias. Luego, en el año 2012, el mismo ente volvió a cambiar el nombre por el que ostenta actualmente, Facultad de Ciencias Agrarias.
Con el apoyo de su infraestructura física y la actividad de su personal docente y administrativo, la Facultad ha desarrollado en los últimos años numerosos e importantes contratos y convenios con entidades nacionales e internacionales que han contribuido al desarrollo del subsector y al prestigio de la institución. Para el año en curso celebra y conmemora sus 105 años de vigencia.